Если получится поднять права, то либо поменяй настройки в php.ini (смотри в сторону auto_prepend_file), либо троянь сорцы пыха, перекомпили и заменяй. SSH тоже было бы не плохо пробекдорить, на всякий случай, если из системы выживут (см. статью ShadOS)