Можно просто перекрыть сервера. Насколько я помню, для skype все таки они нужны. Сервер идентификации. Просто выдать закон под страхом отбирания лицензии у непокорных провайдеров. И все.
Либо просто и банально заставить исполнять СОРМ. Тех же провайдеров.
А регулировать? Да просто - допустим блокируя основной сервер идентификации, а взамен его поставить свой на своей территории. И сделать клиента для него. Соответствующего.