Если я прально понял вопрос, то челу не нужны наставления, а конкретный алгоритм поиска:
При поиске багов, как и при поиске неисправности(например в железе компа) начинать надо с основных крупных багов, так например если исследуешь пхп скрипт, пробегись по инструкциям типа incude, require на наличие тупого инклуда(аналог, при поиске неисправности в компе, первым делом проверь питание), и далее по нисходящей...
Но не зная основных багов, трудно будет...