нет именно для яндекса месторасположение сервера не очень сильно влияет на выдачу по регионам...
Яндекс разделил запросы, к примеру "окна" у него регионозависимые, а "валенок" у яши не зависимый... Все только к примеру.
Варианты:
1. Запрос конкурентный и потому вы его своим продвижением по зарубежью в выдачу вытолкнули, а вот по москве и россии потянуть не можете. Смотрите конкурентов и стратегию продвижения. Проверьте сайты для москвы нет ваще или он на 100-200 месте есть?
2. Хорошо бы увидеть запросы и сам сайт, но раз нет... Сами хоть подумайте ваши запросы можно к регионам привязать? Проверьте сайт на фильтр и бан.
3. Добавьте сайт в адурилку, там и регион глянете и тиц наколотите сами регион поставите. Желтые страницы, як тоже вам в помощь.
4. Напишите привязку к региону. Сделайте страницу контакты и реквизиты и дайте вымышленный адрес московский с телефоном и кодом города. Прогоните эту страницу спамом.