мда вот извращенец... через прогу юзать консольный клиент mysql ) вообщето с mysql сервером идут либы и хеадеры, заюзав которые ты сможешь использовать функции для работы с бд...
но если ты хочешь извратится, заюзай пайп

Изучай )))

Q. Как использовать базу данных MySQL в своей программе? (под Windows)
Win32 API. Урок 21. Пайп