Ты ничего не понял, никто их не искажает, просто при выводе в браузер нада заменить HTML тэга на аналоги, чтоб небыло XSS или ифреймов к примеру, а при записи в файл фильтровать незачем. При записи в БД нужно обрамлять ковычки, дабы небыло подзапросов, к примеру есть форма для ввода логина и пароля которая не фильтруется, пример:
В таком случае можно будет ввести логин: 1' OR 1=1 1 и любое значение в пароль, и авторизация будет успешной, поетому в таких местах стоит экранировать ковычки функцией addslashes();

ЗЫ в примере могут быть ошибки, пишу как говорится "с коленки" но смысл думаю понятен.