если это exe или dll файлы то любое изменение в файле повлияет на CRC
если отдельно её вычислять. А если юзать crc в PE заголовке то не все компиляторы её заполняют и она никем не проверяется.
А вообще достаточно будет в конец файла дописать 512 байт - мусора.
и эже всё отлично будет. за исключеним случая если прога проверяет свою CRC