Фтп пользуешься ?
Какой фтп-менеджер ?

Ищи <iframe>. Смотри код главной страницы.
На крайний случай сделай дамп файлов, поставь что-то типа text replacer'a, который ищет заданный текст в файлах (в папках) и ищи название сайта, это как пример.

Код невидимым быть не может