Вы говорите "Текст должен расшифровываться по методу простой перестановки.", а сами рассказываете о двойной перестановке(когда помимо столбцов ещё и строки перемешиваются) Так что же конкретно нужно?

P.S. "Статистика распределения частот символов" здесь не нужна, т.к. замена алфавита в этом методе шифрования не производится.