Все сайты должны быть одинаковый структуры чтобы вставлять куда надо что тебе надо, типа на всех сайтах где надо вставляешь <div id="moe"></div> а потом через js вставляешь по id все что душе угодно!
Можно в js сделать ajax запрос на свой скрипт который формирует ответ что тебе нужен, а дальше просто этот ответ вставляешь в id="moe" или вставлять что тебе надо до тега </html> ( через регулярку )