p0is0n +1
точно слабое место в php? Померий скорость вставки данных в базу. Вомзожно стоит перейти на другое хранилище.

А что до си, то зачем вызывать скрипт из system(), когда можно повесить приложение на порт как демона и бед не знать?

И что за проверки то в итоге?