Пользователи? У них что, прямой доступ к БД?
Я уверен что это всё течёт через сайт, закрой для всех кроме сайта
Потом отследи на какую страницу бомбят, может там 400+ запросов к БД
Ну не знаю, кэшируй её чтоли или оптимизируй