если ярлык ссылается на имя файлового сервера - то при вводе в домен, просто оставьте старое имя
если ярлык ссылается на ip адрес файлового сервера - то при вводе в домен, просто оставьте его старый ip адрес

если задумаете хранить папки пользователей на сервере, то делайте это лучше через групповые политики.