Устанавливаемые пакеты (точнее сказать программы) (даже из портов) регистрируются в системе (см. /var/db/pkg )


Если Вы ставили из портов, то удаление можно выполнить так:

# cd /usr/ports/lang/perl5.x
# make deinstall

Но если не срабатывает, всегда можно воспользоваться pkg_delete


Удачи