Не совсем догнал, что ты хочешь, но по опыту: если ты криптуешь уже закриптованный файл, большая вероятность что ты просто повредишь файл. Скорее всего, твой криптор достаточно умный чтобы это понимать.
По идее должно работать так: после запуска файла, запускается раскриптовщик который приводит программу в нормальное состояние и помещает ее в оперативную память, программа выполняется.
Т.Е. в памяти на данный момент содержится незакриптованная версия твоей программы, которую ты можешь сдампить на диск, после чего уже можно обработать своим протектором.
Это простейший случай, но даже если тебе повезет и дамп окажется рабочим, тебе понадобится херова гора FAQ и софта.
Тебе нужен весь этот гимор? Тогда тебе сюда - http://cracklab.ru