Предлогаю:
1)Сливаем дамп мускула.
2)Распарсиваем его регулярками из файла.
3)если в пункте 2,мы не добились полностью того чего хотели,то парсим результаты 2) еще раз
3) Вгоняем дамп в мускул.
Или-же, с помощью стандартных мускул-запросов,прямо в БД сделать нужные нам операции.