Система заражена,не важно есть вирус на флэш или нет и если вирус обретет функционал по удалению того же ,что его блокирует его.Какая вероятность ,что бат файл будет запускаться постоянно,с уверенностью что вируса нет?Решение подобных задач решается с помощью средствами ОС и в 100% эффективнее.