Проблемы с надежностью у md5 действительно есть. Это связано с возможностью нахождения коллизий за приемлемое время.
Но алогритм поиcка коллизий был найден совсем недавно, поэтому движки не успели еще переделать.
Нужно так же сказать, что коллизии не во всех случаях позволяют заменить собой пароль. Возможна защита от коллизий, даже если используется md5.