У меня более интересный случай.) Расскажу как я изголялся в своих проверках:
1. при открытии fopen дескриптор получаю, т.е.
$file = fopen("text.txt", 'a');
if ($file) ... проверку прохожу

2. проверял на доступность записи функцией is_writeable - файл доступен на запись

3. использовал flock для блокирования файла - блокировать удавалось

4. как известно функция fwrite и ее псевдоним fputs возвращает количество записанных байтов, так вот если записывать в пустой файл, количество байтов = 0, а при не пустом файле = количеству записываемых (с функцией file_put_contents аналогичное происходит). Вот такая хрень...

Ключевой момент в том, что удается записывать в непустой файл!
Как это объяснить? Может какие настройки в интерпретаторе изменились или вообще на серваке? Но за свою практику впервые с таким сталкиваюсь. На локальном серваке такой же скрипт пишет в пустой файл без проблем.