Пробираясь через дебри флуда не осилил всю тему, прошу прощения если повторюсь.

1. Реализовать минусование очень легко - нужно сделать аналогичный алгоритм как с плюсованием (на деле это реализуется простой модификацией SQL-запроса).
2. Возможность выставлять репу обычным пользователямн надо убрать вообще, а то не суразно как-то получается.
3. Репутация от Модеров и РОА должна иметь разный вес.