А я специально в основной домен бред пишу, тогда при доступе через фтп у тебя каждый сайт в отдельной папочке. Домен можно добавить в Domains ::Addon Domains.
(если конечно у тебя нет ограничений на дополнительные домены)
P.S. Как сменить основной домен без сапорта не знаю