если с изменение длинный, то только через временный файл всё делать.
т.е. считаешь строки из одного файла и сразу пишеш в другой.
Как подошла 12 строка, то ты считываеш её, изменяеш как хочеш и записываеш в файл.
а потом опять продолжаеш копировать строки