Просто можно написать демона который будет проверять постоянно с заданным интервалом (ну положим там в секунду или пол секунды) БД на наличие задач по сертификации или что там. И потом обратно ложить в БД сертфицированный файл, а пхп же будет просто в БД ложить запрос на эту саму сертификацию, а потом через заданный интервал проверять БД на наличие ответного файла
Под демоном подразумеваю скрипт, просто работающий себе на вдс , которого никто не трогает
P.S. Я за четкое разделение задач.
P.P.S. Какая предполагается пиковая нагрузка ?
P.P.P.S. Свалил спать, буду завтра читать