Так не сделать просто - в любом случае надо переписывать весь файл. Ведь нельзя просто сместить оффсет начала файла, чтобы сместились все данные, а в нулевую часть записать новые. Потому надо читать ВЕСЬ файл, обнулять его, затем писать новую запись, а после нее прочитанный буффер. В случае с базой данных таких проблем нет, поскольку СУБД берет все эти издержки на себя.