Ну так, вообще-то перемести всё в одну папку и тогда архивируй(так удобнее)

$ gzip * - сжимаются все файлы в текущем каталоге (но не в его подкаталогах заметьте!!!)
а так обычно архивирование производится так:
$ gzip test.txt(вместо test.txt любой файл.)
Для восстановления файла, сжатого командой gzip, можно воспользоваться этой же командой с параметром -d.
$ gzip -d test.pdf.gz
Можно обойтись,без параметра -d, если для восстановления сжатого файла ввести команду:
$ gunzip test.pdf.gz