В некоторых AVR и вправду есть поддержка аппаратного USB. есть даже с хостом для флешки, но вот реализовать свое устройство на таком USB действительно дело не для ламеров, так что лучше не связываться с такими вещами (пока что), а например использовать преобразователь USB<->UART на специально обученных микросхемах таких как FT232 или PL2103.
Но если всеже очень хочется подключить МК напрямую к ПК через USB то можно начать эксперименты с проектом AAVR309
В нем программная реализация USB интерфейса на МК и драйвера для ПК, там же есть и программа с помощью которой можно поморгать светодиодом и т.д.

Из литературы для изучения AVR могу посоветовать Евстифеева, рассказано все простым и доступным языком, с примерами.