Ну а что мешает просто парсить нужные куски опредлеенных текстов и из них составлять исходники?
В какой-то из статей видел подобную реализацию бекдора phpшного - вставляли в начало файла гну-лицензионное соглащение, а ниже просто парсили нужные символы\подстроки и евалили.