1)непонятно что такое всплеск
2)чем не устраивает прведеный алгоритм? Что значит "Может пропустить максимум, может указать два максимума в 1 всплеске" ? Откуда ты знаешь что там должен быть один максимум а не два ?

А вообще мне кажется эта задача не имеет однозначного решения. Все зависит от того, что считать "всплеском", а всплески у тебя, я так подозреваю, это низкочастотные колебания сигнала. Если это действительно так, то задача решаема только если задается еще и максимальная частота всплесков (то есть все колебания более высокой частоты - игнорируются). А отсюда выплывает и решение - низкочастотный фильтр + поиск простых максимумов на нем.