Я в Си не шарю но элементарно подумать могу.
1) Составляеш план что будет делать бэкдор (План можеш легкий по началу типа как привел пример выше про листинг и скачку файлов)
2)Начинаеш расписывать все нужные функции для выполнение команд в пункте 1.
3) Делаеш.

Суть я думаю такая.

Запуск бэдора - считывание файла - отправка файла.

Крипт или скрытие я думаю ты с этим сталкнешься при его создании ибо некоторые фунуции паляться антивиром как бэдор или троян.

Вот и все.

И все это я знаю читая только форум . Может и ошибаюсь в чем то но думаю если бы я взялся делать то наверно бы смог )