Собственно, BOM для UTF-8 — это три байта. Если вы сохраняете php с BOM, то это значит, в начале PHP файла присутствуют эти самые три байта. PHP, насколько мне известно, не отличает байты BOM от любых других. Сессии не работают как раз из–за того, что начался вывод. Если включить ob[1][2], сессии заработают, но проблема останется. Если инклудятся несколько файлов php, то очень может быть, BOM в результирующей странице будет несколько раз встречаться в начале и где попало в разных местах в середине. BOM — символ невидимый, так что это будет, скорее всего, незаметно, но всё же нежелательно.