У меня такая же история была - на нетбуке винт щелкал. Система была ubuntu 8.04 netbook remix. Оказалось что глюк системы. Проблема завершилась после пере-установки системы (ubuntu 9.04). Больше вроде не щелкал.
(Если что то это нормально для нетбуков тошиба нб 100, с предустановленой убунту 8.04 - это баг системы)