Потому что вот так надо:

$count = count($file);
for($i=0;$i<$count;$i++) {
.....

просто не успевает считать, ты заставляешь его пересчитывать массив какждую итерацию, проблема становится очевидной только при большом объеме данных прогоняемых в цикле