MySQL - это всего лишь база данных. Сайт на одной MySQL ты никак не построишь...
То же самое и на файлах. Хотя... Сайт на файлах сделать можно, но это уже будет быдлокодинг, т.к. опытные, да и вообще любые, кодеры не пишут сайты только на файлах. А вот если взять файлы + СУБД, то получиться отличный сайт.