По сути, rc6.d - это и есть папка автозагрузки. Можешь забекапить оттуда файлы, удалить ненужные для загрузки из вышеуказанной папки, загрузиться, выполнить top и посмотреть, что работает. Если тех процессов нет - все сработало как нужно.