Или еще один способ, чисто через phpmyadmin, аналогов не видел:

1. phpmyadmin->выбираем БД->SQL
2. Выполняем такой запрос:

SELECT CONCAT(CONCAT('ALTER TABLE ', table_name),CONCAT(' RENAME ', CONCAT('pref_', table_name, ';'))) FROM INFORMATION_SCHEMA.TABLES WHERE TABLE_SCHEMA='instant' LIMIT 0 , 100;

где "pref_" - нужный префикс, в LIMIT указываем кол-во таблиц для изменения, "instant" - имя БД, в которой мы хотим добавить префикс к таблицам. В результате получим текст sql-запроса, который останется только скопировать и выполнить:



т.е. полученный текст копируем, опять лезем в SQL, вставляем, выполняем, всё.

PS: Можно вывести в файл и потом копировать оттуда