Понял вот полная версия:

[vackum@Free-Server vackum]$ su root
Password:********

[root@Free-Server vackum]# cd /usr/src/linux
[root@Free-Server linux]# make menuconfig
blabla...
blabla...
blabla...
отредактировал
сохранил

[root@Free-Server linux]# make dep
*** Warning: make dep is unnecessary now.
[root@Free-Server linux]#