Попробуй проверить диск MHDD или викторией. Ими же почитай S.M.A.R.T проанализируй.. Если всё норм, вероятнее всего лог. проблемы. попробуй восстановить загрузчик (GRUB) или что там у тебя, например с установочного CD, с которого Линух ставил. Или перепиши виндовым, а потом вернёш GRUB.