думаю...
- маленький шелл залит к какой то файл сайта, или картинку!
- проверь может есть изменения в .htaccess
- посмотри в /tmp

Скачай все файлы сайта себе на винт потом проверь всех их корректное использование $_GET,$_POST...
Для этого можеш юзать Notepad++ там есть поиск/замена по всех в ньом открытых документах.

Notepad++ _http://notepad-plus.sourceforge.net/ru/download.php