для начала попробывать увеличить, максимально возможное, количество конектов
Мне все же кажется что проблема не в недостаточности оперативки а именно в настройке и специфике работы клиентских приложений. (вообще сколько их там?) Если клиентские приложения еще и используют постоянный конект к базе то это объяснило-бы
идёт около 30 секунд, но дальше всё норм почти - изредка тормоза,
Тоесть клиентские приложения забивают себе сокеты и постоянно держат соединение а сайту получается кукиш =/
Если в Керио правило для Мускуля висит внизу то перемести его в самый верх (давно заметил что керио, иногда как-то медленно обрабатывает правила)
Керио лицензия ?

Был случай - стукнулся дружбан, на аську и пожаловался о медленной работе шлюза, в результате оказалось что срок действия лицензии закончился и Керио порезал скорость до 4килобит =))
изза Kerio 6.x и упёртого начальника который кроме Kerio ничё не признаёт
просто статистика для него удобная - наверное =))