размер кластера влияет на производительность. там фишка в размере адресной таблицы. с адресами оных кластеров. Если мне память не изменяет, конечно. Чмоки.
А, да, это еще не все... дело в том, что некоторые криворукие писаки любят писать относительно стандартного размера кластера (если софт низкоуровневый и работает напрямую с файловой системой.) Собственно, стандартный размер кластера рулит.