прочти для начала главу 28 УК РФ и статью 138 УК РФ

я думаю программы надо писать руками, а думать головой.
так билдеры... хм ты хочешь написать компилятор? читай
1 Лексические анализаторы - http://ru.wikipedia.org/wiki/Lex
2 Синтаксические анализаторы - http://ru.wikipedia.org/wiki/Yacc
ну а потом немого теории поучишь по компиляторам... вот и не трудно будет доделать генерацию ассемблерного кода, а там уж и до машинного не далеко.

так как прятать программы - http://wasm.ru/article.php?article=hidingnt
передавать пароли лучше всего себе ну и если параноик шифруй сам - http://algolist.ru/defence/index.php или юзай ченить типа RSA (не спец)

Удачи...