Для начала:
Кей С. Хорстманн два тома Core Java
Bloch - Effective Java
Можно почитать Эккеля, хорошая книга, посвященная именно языку, но наши при переводе прафтыкали несколько глав...

Насчет среды - это тема вечных холиваров. ИМХО, Идея несколько быстрее, но не совсем похожа Эклипс. Тут, в общем, на вкус и цвет.

настоятельно не рекомендую читать всякие книги типа "Ява за 21 день", "Ява для идиотов" и т.д.