попробуй для каждого сайта создать отдельную таблицу.
ввести ограничение на хранение истории - 5-30 дней.
записывать ip адреса при помощи mysql функции INET_ATON.
mysql и 9гб записей может держать на средненьком компьютере. про количество записей не беспокойся.