Немного воткнулся в чём проблема. Действительно, у пользовательской программульки свой виртуальный раздел HKLM:

HKEY_USERS\S-1-5-21-3310038622-3324841962-6013481-1000\Software\Classes\VirtualStore\MACHINE\SOFTWAR E\Programmulka

Как записать его в настоящий HKLM???

После того, как скурил половину MSDN, нашёл решение своей проблемы. В файле app.manifest написано русским языком:
"Если вы хотите использовать виртуализацию файлов и реестра для обратной совместимости, удалите узел requestedExecutionLevel."