Ну... в случае с ТС советую записать диск заново - ибо файлы не читаются. Или сам образ криво скачан. Кстати, на официальном сайте не зря пишут контрольные суммы - желательно их все же проверять.
Ext4 бы не советовал - пока сыровата. Корень к винде отношения вообще не имеет. Под винду надо свой раздел. Причем ставить лучше сначала винду, а потом линукс - просто винда при установке ставит в загрузку только себя. Линукс видит любой раздел винды без проблем и может писать в него - винда по умолчанию не умеет. Хотя, говорят, есть какие-то дрова под никсовые ФС, но не знаю, не пробовал.