Windows не указан поэтому укажу для Vista/7.
http://www.11011.net/install-vista-from-hard-drive-instructions - как загрузка и установка на тот же винт,так же способ работает и для сторонего hdd.

http://technet.microsoft.com/en-us/magazine/dd535816.aspx -вариант работает для внешнего hdd,так и для flash.