Не все модели 3GS можно джейлбрейкнуть. Там на железном уровне стоит теперь защита. И вообще, не уверен, насчет 3.1.3, пробуй 3.1.2. После джейлбрейка в Cydia добавляешь репозиторий cydia.hackulo.us, оттуда ставишь программу AppSync, перезагружаешь девайс, ставишь программы из iTunes, какие хочешь.