прописано что-нибудь в директиве AddDefaultCharset?
посмотреть в ее сторону либо в настройках apache, либо через htaccess ее задать.
возможно html в utf8, а чарсет в 1251 и возникает накладка.

насчет баз - обратить внимание, какая кодировка стоит на базах.
если движок работает с цп1251, а база в ютф или латине, то будут возникать подобные проблемы.