Фишка в том, что bat, cmd, com, exe, scr - это те файлы которые можно запустить. И по этому они передаются одному обработчику. А тот обработчик выбирает среду запуска в зависимости от содержания файла.
Простой пример: test.bat
MZ
echo hello
pause
запускается как DOS файл. А если убрать MZ, то запустится как под win
ТАм проверяется MZ заголовок, платформа и PE/NE/LE заголовок